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2001年經(jīng)原衛(wèi)生部備案，科技部和國(guó)家科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)勵(lì)工作辦公室批準(zhǔn)，中華醫(yī)學(xué)會(huì)設(shè)立了中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)（獎(jiǎng)勵(lì)編號(hào)0007），成為首批注冊(cè)登記的26個(gè)社會(huì)力量所設(shè)獎(jiǎng)項(xiàng)之一。

中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)是面向全國(guó)醫(yī)藥衛(wèi)生行業(yè)的科技獎(jiǎng)項(xiàng)，下設(shè)獎(jiǎng)種包括醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)、國(guó)際科學(xué)技術(shù)合作獎(jiǎng)和青年科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)，每年評(píng)審和授獎(jiǎng)一次，旨在獎(jiǎng)勵(lì)在衛(wèi)生健康領(lǐng)域科學(xué)技術(shù)進(jìn)步活動(dòng)中做出突出貢獻(xiàn)的組織和個(gè)人。其中醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)和青年科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)以項(xiàng)目為載體，通過對(duì)優(yōu)秀的醫(yī)學(xué)科研成果進(jìn)行評(píng)審，授予獲獎(jiǎng)項(xiàng)目及其完成單位和完成人；國(guó)際科學(xué)技術(shù)合作獎(jiǎng)授予對(duì)中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)發(fā)展做出重要貢獻(xiàn)的外國(guó)人。

中華醫(yī)學(xué)會(huì)始終秉持“公平、公正、公開”的原則辦獎(jiǎng)、評(píng)獎(jiǎng)、授獎(jiǎng)，形成了“兩審、三公示、一確認(rèn)”的評(píng)審獎(jiǎng)勵(lì)程序，全程接受行業(yè)社會(huì)監(jiān)督；每年有包括院士、?？品謺?huì)主任委員等在內(nèi)的專家教授300余位參與評(píng)審。截至2024年，中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)共評(píng)審獎(jiǎng)勵(lì)24次，共獎(jiǎng)勵(lì)項(xiàng)目2007項(xiàng)。獲獎(jiǎng)成果涵蓋了基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)、藥學(xué)、生物醫(yī)學(xué)工程學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)、預(yù)防醫(yī)學(xué)、中醫(yī)中藥學(xué)、醫(yī)學(xué)科普等學(xué)科，獲獎(jiǎng)項(xiàng)目尤其是醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)獎(jiǎng)一等獎(jiǎng)項(xiàng)目在一定程度上代表了我國(guó)目前醫(yī)學(xué)科學(xué)技術(shù)的領(lǐng)先水平。

中華醫(yī)學(xué)會(huì)從中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)獲獎(jiǎng)項(xiàng)目中擇優(yōu)遴選提名國(guó)家科技獎(jiǎng)，截至2023年共提名國(guó)家科技獎(jiǎng)109項(xiàng)，其中有46項(xiàng)獲獎(jiǎng)。2015年中華醫(yī)學(xué)科技獎(jiǎng)獲獎(jiǎng)項(xiàng)目“以防控人感染H7N9禽流感為代表的新發(fā)傳染病防治體系重大創(chuàng)新和技術(shù)突破”，經(jīng)中華醫(yī)學(xué)會(huì)提名榮獲2017年國(guó)家科技進(jìn)步特等獎(jiǎng)，實(shí)現(xiàn)了衛(wèi)生健康領(lǐng)域特等獎(jiǎng)零的突破。2020年經(jīng)中華醫(yī)學(xué)會(huì)提名的“鐘南山呼吸疾病防控團(tuán)隊(duì)”榮獲國(guó)家科技進(jìn)步獎(jiǎng)創(chuàng)新團(tuán)隊(duì)。